蓝宝石之谜是由Gainax出品，根据儒勒·凡尔纳的巨著《海底两万里》改编的39集动画片。本作品内涵不仅深厚，而且丰富，人生观，价值观，世界观，爱情观，战争与和平，科学的价值等等均一一涵盖。叙述发生于1889年巴黎世界博览会，在埃菲尔铁塔上相遇的两人和一只─拥有神秘蓝宝石的马戏团少女娜迪亚、爱好飞机和发明的少年约翰以及娜迪亚的好友小狮子小狮王的故事。娜迪亚和约翰从觊觎她所持宝石的葛兰蒂斯一行人逃跑，并开始了寻找娜迪亚的寻找故乡之旅。途中，他们巧遇邪恶组织“尼奥亚特兰帝国”（或译新亚特兰帝国）的总统卡格伊所占据的岛屿上幸存的少女玛莉。但是，娜迪亚、玛莉和小狮王被卡格伊拐走。为了拯救他们，约翰和葛兰蒂斯三人组联手，并且和万能潜水艇鹦鹉螺...